Background image

terug

Katalase-gen ontrafeld

Van veel genen is inmiddels de nucleotidenvolgorde vastgesteld. De gegevens worden volgens een bepaald protocol in grote databases opgeslagen. In de afbeelding hieronder is een gedeelte van zo’n protocol met informatie van het katalase-gen van de sojaboon Glycine max weergegeven. Katalase is een enzym dat in de cellen van alle dieren wordt aangetroffen. Het katalyseert de omzetting van het giftige waterstofperoxide in water en zuurstof.

Naast het gedeelte van het gen dat codeert voor de aminozuurvolgorde van de katalase (de exons, onderbroken door introns), bevat het gen nucleotidenvolgordes die betrokken zijn bij de regulatie van de transcriptie van dit gen en delen die fungeren als promotor en terminator. Volgens afspraak wordt in het genprotocol de nucleotidenvolgorde van de coderende streng (het complement van de template of matrijsstreng) weergegeven, in de richting van 5‘ naar 3‘.

Katalase-gen van de sojaboon Glycine max
LOCUS 1-4687 bp (basenparen)
5‘UTR 1725-1856 (gebied in het mRNA aan de 5 zijde van het startcodon dat niet
‘vertaald’ wordt)
CDS (coderende gebieden, inclusief de nucleotiden die coderen voor start- en
stopcodon)

1857-1871,1963-2059,2138-3192,3292-3381,3785-3852,3951-4044,4560-4619
translatie  
                         □MDPYKNRPSSAFNSPFWTTNSGAPIWNNNSSLTVGSRGPILLED
YHLVEKLANFDRERIPERVVHARGASAKGFFEVTHDISHLTCADFLRAPGVQTPLIVR
FSTVIHERGSPETLRDPRGFAVKFYTREGNFDLVGNNFPVFFVRDGLKFPDMVHALKP
NPKSHIQENWRILDFFSHHPESLHMFSFLFDDVGIPQDYRHMDGFGVNTYTLINKAGK
ALYVKFHWKTTSGEKSLLDDEAIRVGGSNHSHATQDLYDSIAAGNYPEWKLYIQTLDP
ENEDRLDFDPLDVTKTWPEDVLPLQPVGRMVLNKNIDNFFAENEQLAFCPAIIVPGVY
YSDDKLLQTRVFSYADTQRHRLGPNYLQLPANAPKCAHHNNHHDGFMNFMHRDEEVNY
FPSRYDPVRHAEKVPVPPRILGGKREKCMIEKENNFKQPGERYRSWPSDRQERFVRRW
VDALSDPRVTHEIRSIWISYWSQADRSLGQKIASHLNLKPSI□


exons 1 2 3 4 5 6 7
nucleotiden 1857-
1871
1963-
2059
2138-
3192
3292-
3381
3785-
3852
3951-
4044
4560-
4619


basenvolgorde van coderende streng
1aagcttgtaatcgattacaacattgtgtaatcgattaccagacatgagaaattcaaattt
61caagtctgaagagtcacaactcttcagaaactaactatgtaattgattacaacatttatg
121taatcgattaccagtaaggaattttcgaaaataactcccaagagtcacaactgttcaaga
181agtttttgaatggccatcgaaggcctataaataggtgacttgggataggaaattccttag
241agtttttttgaacaacattgtcttagcctctccaaaccaaattgtcttattactctcaaa
* ………………………………………………………………………………
1741tgactgtatagtataaaataaaattgtgcccatagaaatagaatagtgacagacacactc
1801gtgaatcgtgatttagcatttaccacaccaaaatcaatctgcggagtcagaaagccatgg
1861atccctacaaggtttgctcttcttttcttttcttttcggattagattcgattaaatttct
1921caacttgcttgttattttgactgtgttttgttttccatttagaatcggccatcaagcgcc
1981ttcaattctcccttctggactacaaattccggtgctcccatctggaacaataactcatcg
* ………………………………………………………………………………
2041ctgactgttggatctagaggtatggtatttaatatttttcattgaattgaattaggttaa
2101ttaatatcagtattgggaattgaattggggcatgcaggtccaattctgctggaggattac
2161catctggtggagaagcttgcaaactttgacagggaacggatccccgaacgtgttgtccac
2221gctcgtggagctagcgcaaagggtttctttgaagtcacgcatgacatttctcacctcaca
2281tgtgccgatttccttcgagcccctggagttcagacccccctcatcgtccgtttctccact
* ………………………………………………………………………………
4441tggtaggtcccttgaactaaaaaaatagttatagactgtctataggctcaaaccataaaa
4501agtgaatctgcatttgggtgctaattaatgtgattttcatggatggtattgctacgcagg
4561ctgatcgttctcttggacaaaagatagcatctcacctgaacttgaagccaagtatctaag
4621attggtggtggaaaccctagcttctaagagatgcagatgtagggaacaaggtgagaggtt
4681tgtggcc

* Niet alle basen zijn hier afgedrukt