In Nederland komt de Vliegeorchis tegenwoordig uitsluitend in Zuid Limburg voor. In Europa wordt de Vliegeorchis verder onder meer aangetroffen in Ierland, Denemarken, Oostenrijk en Frankrijk, zowel in bosjes als op stenige hellingen en tussen gras. Met betrekking tot de pH en het kalkgehalte van de bodem is de VIiegeorchis niet kieskeurig. Op grond daarvan zou je kunnen verwachten dat de Vliegeorchis in de genoemde landen algemeen voorkomt. Toch is de Vliegeorchis een zeldzame plant.
Formuleer op grond van de gegevens over de Vliegeorchis een hypothese waarmee deze zeldzaamheid kan worden verklaard.