Bij het woord bacteriën denken de meeste mensen allereerst aan schadelijke bacteriën. Toch zijn veel soorten nuttig. Zo spelen bacteriën een belangrijke rol in de kringloop van stoffen doordat ze dode resten van organismen afbreken. Ook worden bacteriën door de mens al eeuwenlang gebruikt bij de bereiding van voedingsmiddelen. In het lichaam van de mens komen ook nuttige bacteriën voor.
Schadelijk zijn bacteriesoorten die ziekten kunnen veroorzaken, bijvoorbeeld tuberculose, longontsteking en SOA's zoals gonorroe en syfilis.